Tutto è iniziato nel 1929, quando Luis Dapples, presidente del Consiglio d'Amministrazione di Nestlé, ricevette un incarico speciale da parte del Brasile. Per far fronte all'ingente surplus di caffè nel paese, fu chiesto a Nestlé di sviluppare un prodotto facile da preparare e che utilizzasse anche la quantità di chicchi di caffè in più che erano stati già raccolti.
L'idea iniziale era quella di realizzare una tavoletta cubica di caffè, che aveva bisogno solo di acqua calda per una preparazione istantanea. Tuttavia, dopo svariate ricerche, il sapore iconico del caffè non veniva mentenuto per cui la tavoletta cubica non poteva essere realizzata. Esclusa questa ipotesi, il chimico Max Morgenthaler ritornò al tavolo da disegno per proporre nuove idee.
Nel 1960 ci fu un altro importante punto di svolta nella storia di Nescafé, a partire dal boom economico del decennio che ha visto l'introduzione di processi manifatturieri più raffinati. Nel 1962 l'originaria latta usata come confezione per Nescafé fu abbandonata, optando per i più sofisticati barattoli in vetro che vediamo oggi. Anche la seconda metà degli anni 60 fu piena di novità, con l'arrivo in Europa nel 1965 di Nescafé Gold; un prodotto gustoso che piacque ad un numero ancora maggiore di consumatori. Poi nel 1966, la formulazione passò dalla polvere ai granuli, e nel 1967 venne introdotta per la prima volta l'iconica Red Mug.
Dall'inizio del secolo Nescafé è impegnato ad assicurare che il proprio caffè sia prodotto nel modo più sostenibile possibile. Il brand è attualmente in un viaggio verso il 2030, viaggio in cui si vuole raggiungere l'obiettivo a livello globale del caffè approvvigionato al 100% da fonti responsabili ed il 50% attraverso metodi di agricoltura rigenerativa.